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Honda, che ha iniziato a praticare lo short track a sei anni, si è spostato al pattinaggio artistico a nove. A quattordici è diventato il più giovane campione nazionale giapponese, titolo che complessivamente ha conquistato sei volte. Alle Olimpiadi ha ottenuto un quindicesimo posto nel 1998 e un quarto posto nel 2002.. Ai Mondiali si è piazzato, a partire dal 1996, tredicesimo, decimo, undicesimo, sesto, decimo, quinto, per poi portarsi a casa il bronzo sia nel 2002 (alle spalle di Alexei Yagudin e Timothy Goebel) che nel 2003 (alle spalle di Evgeni Plushenko e Timothy Goebel). Nel 2005 si è infortunato nel corso delle qualificazioni ai Mondiali, qualche tempo dopo si è ritirato. Fra i suoi risultati ci sono due vittorie (1999 e 2003) e due secondi posti (2001 e 2002) nel Four Continents.
Il programma corto di Honda ai Mondiali del 2002 (l’esercizio inizia dopo 1’30’’):
Il programma lungo (l’esercizio inizia dopo 2’45’’):
Il programma corto ai Mondiali del 2003 (l’esercizio inizia dopo 2 minuti):
Il programma lungo: